Nienhuis wurde in Groningen als Sohn des Kommissars Lambertus Nienhuis (1834-1890) und Alberdina Goedhuis (1835-1875) geboren. Er wurde an der Minerva Academy in seinem Geburtsort und dann an der Rijksschool voor Kunstnijverheid in Amsterdam ausgebildet. 1895 arbeitete er für die Plateelfabriek De Distel te Amsterdam. Ein Jahr später gründete er die Lotus Tile Bakery in Watergraafsmeer. Seine Firma wurde 1901 von De Distel übernommen. Nienhuis übernahm dann die Leitung der Dekorationsabteilung. Seine Erfindung einer matten Glasur wurde bald von anderen Fabriken übernommen.

Ab 1905 unterrichtete Nienhuis an der Kunstgewerbeschule in Haarlem. In diesem Jahr begann er Schmuck für die Juwelierfirma Hoeker & Zoon zu entwerfen. Auf der Weltausstellung 1910 in Brüssel gewann er mit einem seiner Entwürfe eine Silbermedaille. In den Schmuckstücken, die Nienhuis bis 1912 herstellte, arbeitete er sowohl in Dekoration als auch in Form mit einfachen abstrahierten natürlichen Ornamenten. Er hat hauptsächlich mit Gold, Edelsteinen und Email gearbeitet. Sein Schmuck gilt als Teil des niederländischen Jugendstils.

1912 tauschte Nienhuis Haarlem nach Hagen in Deutschland, wo er Lehrer an einer neu gegründeten Kunstgewerbeschule wurde. Er bekam ein eigenes Atelier und viel Raum, um mit neuen Materialien und Techniken zu experimentieren. Er fertigte unter anderem Keramikskulpturen an. 1916 kehrte er unter anderem wegen des Ersten Weltkriegs in die Niederlande zurück und wurde ein Jahr später Lehrer bei Quellinus, dem er bis zu seiner Pensionierung 1934 verbunden blieb. Als selbstständiger Töpfer fertigte er in dieser Zeit Unikate mit charakteristischen einfachen Formen.