Er war der Sohn von Charles-Louis Willaert, einem Dekorateur und Porträtmaler, und er war der älteste in einer Familie mit dreizehn Kindern. Seine Brüder Arthur (1875-1942) und Raphaël Robert Willaert (1878-1949) waren ebenfalls Maler.

Seine Ausbildung erhielt er an der Akademie in Gent bei Theodoor Caneel und Louis Tytgadt. Mit 23 Jahren wurde er 1884 selbst Lehrer an der Akademie. Von 1887 bis 1890 studierte er an der Akademie der Schönen Künste in Paris.

Ferdinand Willaert war ein begeisterter Reisender und hielt sich regelmäßig im Süden auf, was seinen Stil deutlich beeinflusste. 1887 reiste er mit A. Marcette nach Spanien und Marokko, wo er das wahre Licht entdeckte. Ebenfalls zwischen 1890 und 1892 reiste er mit seinen Freunden Albert Lebourg und Ignacio Zuloaga nach Marokko. Nach seiner Rückkehr stellte er seine Arbeiten zu Tanger im Cercle artistique et littéraire de Gand aus, was den Beginn seines künstlerischen Durchbruchs darstellte.

1893 wurde er Mitglied der Société Nationale des Beaux-Arts in Paris und 1907 wurde er Sekretär des Kreises. Anschließend wurde er auch Mitglied der Pariser Société du Salon d'Automne und der Société Royale des Beaux-Arts in Brüssel.
1899 wurde er Mitglied der Jury der belgischen Salons und war in dieser Funktion an der Einrichtung verschiedener Salons in Gent, Antwerpen und Brüssel beteiligt. Von da an nahm er selbst an Auslandsausstellungen in der Türkei, Frankreich, den Niederlanden, Deutschland, England, Italien, Spanien, Russland, Ägypten und den USA teil, wo er mehrfach ausgezeichnet wurde.

1901 wurde er zum Direktor der Akademie in Dendermonde ernannt, eine Position, die er bis 1934 innehatte.

Ferdinand Willaert war 1893 erstmals mit Léontine Van Loo verheiratet. Nach dem Tod seiner ersten Frau 1904 heiratete er am 21. März 1908 die in Südfrankreich geborene Valentin Fontan, Tochter des Malers Joseph- Auguste Fontan und sie selbst eine Künstlerin, die Stillleben, Blumen, Interieurs, Porträts und Szenen mit Figuren malte. Sie befanden sich in der Drabstraat 7 in Gent. Das Paar hatte 1918 eine Tochter namens Marguerite. Nach ihrer Heirat verbrachten sie die Ferien im Geburtshaus von Valentin in Magnan im Département Gers im Südwesten Frankreichs.

Ferdinand Willaert wurde Ritter des Kronenordens und Offizier des Leopoldsordens. Nach seinem Tod wurde er auf dem Campo Santo in Sint-Amandsberg beigesetzt.